SUSTech là một trường đại học rất trẻ, với Chính phủ Thâm Quyến đưa ra quyết định để tạo ra nó vào tháng 3 năm 2007. Tổng thống đầu tiên, Zhu Qingshi, đã được chọn vào tháng 6 năm 2009 và kế hoạch bắt đầu. Năm 2011, nó đã thừa nhận 45 sinh viên đầu tiên của mình mà không xem xét điểm cao khảo của họ, và điều lệ của SUSTech đã được thông qua bởi chính quyền thành phố Thâm Quyến.

Vào tháng 4 năm 2012, một mốc quan trọng đã đạt được khi trường đại học được Bộ Giáo dục chấp thuận và vào tháng 9 năm sau, 188 học sinh Gaokao đầu tiên đã được ghi danh. Một năm sau, vào tháng 7 năm 2013, SUSTech chuyển đến khuôn viên mới của nó ở Quận Nanshan, Thâm Quyến. Vào tháng 1 năm 2015, chủ tịch hiện tại, Chen Shiyi, được bổ nhiệm.